分子や反応の標準化 MDL Cheshire を使うと、化学構造領域のルールを反応や分子に適用することができます。この例では、ある反応内におけるニトロ基の表記が標準化されています。
潜在的な立体中心構造の発見 MDL Cheshire を使うと、構造内で潜在的な立体中心構造(stereogenic center) を発見できます。MDL Cheshire は、当該構造に関して可能性のあるすべてのジアステレオマーを生成し、各異性体に CIP Rules を適用して各立体中心構造の空間配列を特定し、該当する立体中心構造に適切な R または S を付けます。